Z kolei dno jest w większości muliste i zapylone w wyniku kruszenia, odrywania się gipsu. Równocześnie w wielu miejscach możemy spotkać mniejsze lub większe kawałki skalne leżące na dnie, które oderwały się z sufitu. Niektóre są dość świeże, nie pokryte jeszcze warstwą pyłu, co świadczy, że odpadły niedawno i zjawisko to trwa. Niedawno w wyniku odkrycia charakterystycznych formacji skalnych, narodziła się nowa teoria o powstaniu tego typu jaskini. Mianowicie zakłada się istnienie podwodnych źródeł, z których woda wydostając się, żłobi skały. W Jaskini Ordyńskiej odkryto małe otwory w dnie, gdzie gips został rozpuszczony. Otwory te nie są też pokryte pyłem, co świadczy o stałym wydostawaniu się wody.